Durante la inquisición, por orden de los Reyes Católicos, los obispos crearon los Tribunales de la Inquisición a imagen
y semejanza de los de España. Al principio sus miembros eran enviados por España y luego fueron elegidos entre los sacerdotes que vivían en América. Al no poder examinar exhaustivamente toda su jurisdicción se crearon los comisarios de la
inquisición con los mismos obispos, interviniendo en hechicería, herejía o supersticiones, no se extendía a los indios porque aún no estaban totalmente insertados en la fe católica.
Antes de proceder se hacía una consulta al Inquisidor Central, o sea no actuaban por sí mismos, Se acusaba no dando el nombre del delator, el acusado declaraba y si negaba la acusación era torturado reiteradamente, si seguía negando podía ser absuelto pero si se comprobaba la culpabilidad era condenado a destierro, a la confiscación de sus bienes o a muerte, era quemado en la hoguera previa conversión ante un sacerdote para después quemar el cadáver. Pocos fueron quemados vivos, generalmente primero se los mataba. Los inquisidores fueron protegidos por los Reyes ante cualquier venganza. Como en el Río de la Plata no existía Tribunal los delegados llegaban desde Lima. Toda esta aberración fue suspendida por la Asamblea del año 1813.
La ejecución de un culpable se anunciaba uno o dos meses antes por medio de pregones, ya se preparaba el cadalso, el tablado con barandas, al lado en el púlpito se leían las sentencias, en el centro se ubicaba el altar, los que presenciaban la ceremonias se ubicaban en bancos protegidos por toldos que los cubría del sol, iniciándose la ceremonia con una procesión con las comunidades dominicas, franciscanas, agustinas y miembros del Santo Oficio con cirios encendidos, música, cantos y una cruz que dejaban en el altar, atrás iban los condenados con bonetes cónicos llamados corazas y cruces verdes protegidos por soldados que marchaban a sus costados. Se realizaba una misa con un juramento de fe, leyendo las causas y las sentencias que se realizaban al final de la ceremonia. La quema final se hacía fuera de la ciudad.
La sociedad colonial, al instalarse la Iglesia no realizaba ninguna tarea sin darle una forma litúrgica, por ejemplo las campanas anunciaban la hora de los difuntos, los incendios o cualquier desgracia.
Los hombres se reunían en cofradías y las mujeres usaban hábitos, rezaban el rosario y pedían limosna vistiendo de gala para la misa del domingo o para las procesiones. En el día de San Martín de Tours, patrono de Buenos Aires se realizaban los festejos de mayor importancia.
El Derecho de Asilo en América consistía en la protección de los delincuentes en templos, conventos y cementerios, de esta forma se impedía la actuación de la justicia.
Algunos sacerdotes se encargaron de evangelizar y civilizar a los indios, otros misioneros se encargaron de la enseñanza en las universidades y colegios, fundaron hospitales y se dedicaron a cuidar a los enfermos, desarrollaron la imprenta conquistando espiritualmente a los indios y hasta los convirtieron en vasallos de los Reyes.
Las misiones para la cristianización de los indios se realizaron por bulas que recibieron los Reyes Católicos favoreciendo la expansión de la fe católica en América. En 1522 el Papa Adriano VI aceptó que todo obispo que quisiera ir a América para convertir a los indios podía hacerlo, al permitirse la llegada a América de cualquier misionero, llegaban religiosos buenos y otros que no eran aptos para la misión encomendada.
Los primeros franciscanos llegaron a Nueva España en 1524, luego lo hicieron los dominicos y por último los agustinos. Los jesuitas gobernaron los pueblos indígenas principalmente en Paraguay, conocido como Misiones Jesuíticas. Por una cédula de Felipe III se ordenó la conversión de los indios fundándose la Provincia Jesuítica del Paraguay. Los pueblos se caracterizaban por una gran plaza central circundada por una Iglesia, la casa de los misioneros, el cementerio y la escuela, un cura y un teniente cura dirigía el pueblo, el corregidor, funcionario del gobierno era un cacique elegido por el gobernador y su cargo era vitalicio. Al cabildo lo integraban dos alcaldes, un alcalde de hermandad, su alférez real y un mayordomo y secretario indígenas. Éstos se renovaban anualmente y elegían a los nuevos, los misioneros administraban la justicia consistiendo en varios azotes al culpable.
Al firmarse el Tratado de Permuta con Portugal los pueblos misioneros iniciaron la guerra guaranítica, la Corona adujo que había una fuerza política y económica acusando a los jesuitas de incitar a la guerra. Por orden de Carlos III se expulsó a los jesuitas de las colonias, exiliándose en Italia, las colonias les enviaban dinero a causa de las privaciones a que se veían sometidos, ya que las colonias no estaban conformes con esa resolución porque habían sido privados de sus maestros y consejeros. Estas colonias llamadas misiones pasaron a tener gobierno civil, el cual decayó inmediatamente porque los indios no se adecuaban y prefirieron volver a la selva.
Clemente XIV disolvió la Orden Jesuítica restaurada en 1814 por Pío VII y en 1836 volvieron a Argentina.