Era 1501 cuando el Papa Alejandro VI otorga a los Reyes Católicos los diezmos de América por medio de una bula por la cual
se hacían beneficiarios de privilegios, ya que estos diezmos serían entregados para el sostenimiento de la Iglesia, expandiendo la fe y construyendo Iglesias. Al morir la reina Isabel, Fernando ante Roma logró el Derecho de Patronato otorgado por otra bula por el Papa Julio II, mediante la que permitía que el Rey eligiese a los obispos con el Consejo de Indias como intermediario. Así estos obispos sin ser aún consagrados como tales por el Papa juraban ante el Rey y el Papa no entrometerse en su jurisdicción.
Por medio del Patronato, el Rey podía aceptar las órdenes religiosas o rechazarlas, construía Iglesias, ayudaba a la expansión de la fe y autorizaba a los sacerdotes a entrar a América.
En 1543 se autorizó al Rey a cambiar la jurisdicción de Iglesias mientras que avisara al Papa, por medio de un breve, un documento parecido a la bula pero con menos solemnidad. En 1494 se celebró la primera misa en América, exactamente en Santo Domingo, comenzando así su existencia legal dividiendo el clero en secular y regular.
El secular no vivía en conventos y mantenía contacto con los fieles, en cambio los del clero regular se agrupaban en comunidades religiosas realizando actividades culturales como la congregación de los dominicos, los franciscanos y los
jesuitas. Los dominicos y franciscanos dedicándose a la enseñanza primaria y los jesuitas a la enseñanza secundaria.
En el clero secular se encontraban los arzobispos, deanes y obispos, el trabajo parroquial lo realizaban los curas, considerados de menor jerarquía.
Los doctrineros se encargaban de la administración de los sacramentos y enseñanza religiosa. Los misioneros se encargaban de la enseñanza a los indios.
Eclesiásticamente, América fue dividida en diócesis, o sea lugares donde tenía jurisdicción un obispo, el conjunto de los obispos formaba un arzobispado a la cabeza del cual se encontraba un arzobispo. Las diócesis más antiguas fueron las de Panamá, México y Puerto Rico, siendo las más importantes las de México y Lima por sus universidades en el siglo XVI y XVII.
En el siglo XVIII América se dividió en los arzobispados de México que dependía de Sevilla hasta 1546. Al incrementarse la población del Río de la Plata y Paraguay, Irala propuso una diócesis en Asunción, concedido por Paulo III por medio de una bula, esta diócesis se extendía por Paraguay, Uruguay y Argentina –zona sur-, Bolivia y Brasil dependiendo del arzobispado de Lima y luego del Río de la Plata.
En 1556 llega al Río e la Plata el obispo franciscano Pedro Fernández de la Torre, interviniendo en varios conflictos que sucedieron en Asunción, al separarse Asunción del Río de la Plata se crea la diócesis de Buenos Aires que dependía del arzobispado de Lima mientras que Tucumán dependía del obispado de Cuzco, a su vez éste lo hacía del arzobispado de Lima. La diócesis de Tucumán con sede en Santiago del Estero comprendía Jujuy, Bolivia, Tarija, Tucumán y Santiago del Estero, con su primer obispo Francisco Victoria, luego la sede se trasladó a Córdoba-Argentina al crearse el arzobispado de La Plata.