Esta historia se basa en el joven Bruno, el cual vive con su padre (que es un comandate del Ejército) su madre y su hermana,
en un estilo de vida acomodado en el centro de Berlin en plena II Guerra Mundial. Cuando el padre de Bruno recibe una promoción de rango, se mudan a las afueras de la ciudad, aunque Bruno y su hermana no quisiesen.
Cuando llegan a su nueva casa se dan cuenta que es un cuartel lleno de soldados, y que en realidad están ahi debido a que el Comandante lo designaron y pusieron a cargo de un centro de concentración donde aniquilaban los judios.
A Bruno se le prohibe constantemente ir a aquel lugar que el divisaba desde la ventaja de su cuarto, el cual en su inocencia creía que era una granja. Una vez que logra escaparse se encuentra detrás de una cerca a un niño judío llamado Shmuel, que está internado en ese lugar junto a su padre y un gran número de otras personas también judías.
Bruno por su soledad en el cuartel, visita todos los días a su nuevo amigo Shmuel para poder jugar,además llevarle comida debido a que no les dan nada en el centro de concentración. Aunque Bruno se ausenta por horas cada día, nadie nunca se da cuenta de que no estaba jugando en un columpio como decía.
Poco a poco se va dando cuenta de la realidad, gracias a su hermana y un profesor que les llega a dar clases a domicilio. Ésta última termina muy adentrada en el movimiento nazi, defendiendo cada vez más su padre y degradando a los judíos.
Constantemente se expedía un humo extraño que venía del centro de concentración, siempre se notaba un hedor cuando esto ocurría. En una de tantas, un soldado menciona a la madre de Bruno que es debido a que las personas que están allí se incineran, lo cual provoca que ella tenga muchos problemas con la forma de actuar de su esposo y pide que de inmediato sus hijos sean sacados de ese lugar.
Cuando Bruno se da cuenta de la noticia y Shmuel le cuenta que su padre está perdido, planean una misión de búsqueda, la cual impide que Bruno se filtre en el campo de concentración para ayudarle a Shmuel en la búsqueda de su padre.
Cuando finalmente esto sucede, parte de los judíos que estaban en el campo, los cuales incluyen a Bruno y Shmuel, los trasladan para ser aniquilados.
La familia de Bruno se da cuenta de su ausencia, lo buscan por doquier, pero no tenían idea de donde se podría haber ido... Al momento que se dan cuenta donde se encuentra, ya era muy tarde.