La cuestión epistemológica de la cual se quiere distanciar el trabajo
de Foucault, es el problema de la conciencia como mediadora entre la teoría y la práctica, la conciencia como mediadora entre la razón y la realidad. Foucault propone el fin de la filosofía trascendental, el fin de una figura intelectual centrada en una antropología filosófica; el abandono del sujeto mediador; el fin de la conciencia como generadora de conocimiento.
En el entrecruce de reconstrucciones sincrónicas y diacrónicas, la arqueología intenta describir una historia no antropológica, donde el conocimiento no sea obtenido por un sujeto trascendental; sino, procesado y distribuido en el plano del saber, y creado por el juego de lo que Foucault denomina, las prácticas.
Ahora bien, Foucault concibe al saber como generado en el juego de las prácticas discursivas y las prácticas no-discursivas. Hay que tener en cuenta que, hasta La arqueología del saber, Foucault da más primacía a las prácticas discursivas en la creación del saber, acaso por concebir al enunciado como previo a las palabras y a las cosas, o, por no haber podido ver más allá, detrás de los enunciados, donde se mueven las relaciones de poder. Al principio, Foucault considera a las prácticas no-discursivas en su negatividad, como algo al margen; pero, después del 70-71, las prácticas no-discursivas comienzan a tomar otro cuidado, otro protagonismo en la obra de Foucault. Ya en El orden del discurso los enunciados aparecen regidos por los sistemas de exclusión, todo saber está implicado por relaciones de poder. Según Foucault, la ciencia está inscripta dentro de los márgenes del saber, y en tal espacio desempeña un papel específico que variará según la mutación propia de las diferentes formaciones discursivas. La arqueología no se encarga de definir las relaciones que se dan entre la ciencia y el saber, sino que, más bien, se encarga de mostrar positivamente como una ciencia se << inscribe y funciona >> en el espacio del saber. La arqueología estudia la formación discursiva, no trata sobre la estructura científica, sino que estudia el dominio del saber en el cual la ciencia se manifiesta. Hasta La Arqueología del saber, Foucault concibe al saber como "aquello de lo que se puede hablar en una práctica discursiva" (La Arqueologia del saber, S. XXI, México, decimosexta edición en español 1995, p. 307 )
Mientras la epistemología recorre el eje conciencia---conocimiento---ciencia, la arqueología recorre el eje práctica discursiva--- saber---ciencia. Foucault observa: "mientras la historia de las ideas encuentra el punto de equilibrio de su análisis en el elemento del conocimiento <...>; la arqueología encuentra el punto de equilibrio de su análisis en el saber, es decir en un dominio en el que el sujeto está necesariamente situado y es dependiente, sin que pueda figurar en el jamás como titular (ya sea como actividad trascendental o como conciencia empírica)" (Íbid., p. 307 )., p. 307 )
.