Esta obra combina suspenso, con dosis de acción y drama. Su tema central es la pugna entre ciencia y religión. La trama gira
en torno a dos formas de conocimiento que escinden a los seres humanos en dos: alma e intelecto, emoción y razón, fe y pruebas. Ambas rutas buscan la Verdad Ultima, entendida como irrefutable, una de ellas intenta descifrar el Universo o la Naturaleza desmenuzándola en fenómenos, hechos, actos, átomos, partículas subatómicas, etc.; la otra se basa en la existencia de un Ser Supremo, Dios, dando cuenta de la fe y los milagros para lo cual se ayuda de metáforas que inculcan valores o principios morales de las acciones humanas, es decir hace referencia a las ambivalencias bueno/malo o justo/injusto. En la novela se ven enfrentadas estas posiciones ideológicas de dos maneras, primero por medio de instituciones: la Hermandad de los Illuminatus, por una parte, representando la fuerza de la ciencia como único medio para el conocimiento verdadero y la Iglesia, por la otra, con su dominio
Vaticano, como expresión máxima de poder moral y religioso. Segundo, con personajes tan radicales como el hassasin (asesino-encarnación ignorante del mal) y el
Cardenal Mortati (Hombre sabio-Director del Conclave) o contradictorios y matizados levemente como Maximilian Kohler (Director del Conseil European pour la Reserche Nucleaire CERN-hombre frio y sistemático-escéptico-científico acérrimo) y Carlo Ventresca (camarlengo-secretario personal del papa-hombre apasionado-creyente fanático).
Los personajes principales (Robert Langdom, Profesor de Historia antigua y religiosa y Vittoria Vetra, Bióloga), destacan por ser mediáticos, es decir, consideran posiciones intermedias que no son rivalizan sino, en cierto modo, son necesarias y complementarias, en los asuntos humanos, esta posición está marcada también en el físico Leonardo Vetra (Padre de Vittoria).
La novela comienza con el asesinato brutal del padre de Vittoria, al parecer por obra de los Illuminatus; luego Langdom es contactado por Kohler para que le ayude a investigar el homicidio ocurrido en el CERN. Al comenzar su labor, Vittoria les describe la investigación adelantada por su padre señalando que han descubierto evidencia física (la antimateria) de que el génesis es verdadero, cuando se dispone a mostrarla descubre que ha desaparecido y explica que su poder supera al de la energía atómica actual.
En el vaticano esconden un contenedor con la antimateria, por lo que los protagonistas viajan de inmediato para ayudar a encontrarla. Al llegar su investigación se ve afectada por la desaparición de cuatro cardenales aspirantes a papa; Robert y Vittoria empiezan a deberán descifrar una serie de claves que los llevarán al templo sagrado de los Illuminatus en donde encontrarán a los cardenales y al asesino de Vetra. Para lograrlo realizarán interpretaciones que retomarán alquimistas del siglo XVII y la teoría de los cuatro elementos: Tierra, aire, fuego y agua como componentes de todo lo existente. Esta teoría marcará el sendero romano establecido por los Illuminatus. En su recorrido vincularán la iconografía de las bellas artes, en particular la religiosa, para descifrar claves ocultas hechas en las esculturas de Rafael Santi. Para descifrarlas contarán con menos de cinco horas, y aactuarán condicionados por la amenaza de asesinato de un cardenal cada hora.
Las pistas los llevaran a sitios de importancia histórica como: (1) el panteón y la tumba de Rafael; (2) La Iglesia de Santa María de Popolo, su capilla Chigi y dentro de ella el agujero del diablo; (3) la basílica de San Pedro; (4) la Iglesia de Santa María de la Vittoria; y (5) la Iglesia de Santa Agnes de la Ageria. En cada lugar econtrarán diferentes retos y sorpresas, especialmente en el cuarto en donde el hassasin atrapa a Vittoria y deja enclaustrado a Langdom.
Las penurias de Langdom aumentan a la vez que empieza a sentir por Vittoria un afecto especial. Reúne fuerzas y continua la búsqueda de su amada, pero tendrá más decepciones. Por último el historiador deberá fingir su muerte para poder escapar del hassassin y luego rescatar a Vittoria en el templo de los Illuminatus antes de ser violada.