Antonio Vicente Mendes Maciel, el consejero, aparece en el sertón reparando iglesias y cementerios, dando consejos, practicando
una ascesis que asombra incluso a aquellas gentes, acostumbradas al sufrimiento y a la escases. Poco a poco el
consejero empieza a tener adeptos que lo siguen a todas partes. Interviene en momentos decisivos de la vida de muchos de ellos y eso le da todavía más un hálito suprahumano.
A lo largo de la novela nos presentan a los personajes. Galileo Gall, irlandes, un combatiente por la libertad fanático a su manera, que lleva armas a los rebeldes de Canudos sin otro interés que el de alimentar la insurreción, aún cuando Epaminondas Goncalvez le ofrece un pago a cambio de sus servicios. Porque la instauración de la República, y el fin de la monarquía, que trajo la separación de la iglesia y el gobierno, provoca la ira del consejero y sus
seguidores, que se establecen en Canudos para formar una sociedad que no obedece a los dictados del nuevo gobierno, hereje, servidor del gran can.
Envian una primera fuerza a tratar de aprehender a los que rompen los edictos del nuevo gobierno, pero para sorpresa de muchos, los policias, al mando del teniente Pires Ferreira son puestos en fuga por los seguidores del consejero. Enviaran un segundo contigente más numeroso, al mando del mayor Febronio de Brito, que será también derrotado gracias a la superioridad numérica de los alzados y a la intervención de los antiguos bandoleros que se ponen al mando de la defensa de Canudos. Estos bandoleros, Joao Grande, Pajeú, Joao Satan, Pedrao, a cual más de temible, son hombres arrepentidos que siguen incondicionalmente al consejero, pero que no han perdido su don de mando y su pragmatismo para planear la defensa del sitio. Auxiliados por los Vilanova, comerciantes lugareños que ordenan todo, incluidos víveres, ropa, armas, logran derrotar a las fuerzas del gobierno. Los Vilanova eran hombres sólo interesados en sus negocios, en el dinero, que optaron un día por seguir al consejero, junto con otros que de por sí tenían tendencias religiosas muy marcadas como María Cuadrado o Antonio el beatito, o el León de Natuba un ser deforme pero extraordinariamente inteligente. Mediante la guerra de guerrilas los antiguos bandoleros, que asolaban pueblos enteros, derrotan a las fuerzas que envía el gobierno brasileño. Tanto así que deciden enviar al héroe de la república, a Moreira César, el cortapescuezos, que manda degollar a los sospechosos de ayudar a los insurrectos y que a fin de debilitar a los rebeldes va confiscando todas las armas a su paso por el sertón. Con esto, favorece la solidaridad con los alzados y aumenta el odio al gobierno. Poco a poco va creciendo la tensión, los hechos se suceden como en encrucijada dados los intereses económicos y políticos que se desatan allí. Galileo Gall es asesinado y sus restos presentados como prueba de que hay allí intervención de potencias extrajeras.
Hasta que se da el encuentro decisivo en la hacienda de Canudos entre las fuerzas de Moreira Cesar y los seguidores del consejero. Moreira César no vive para ver la victoria, pero los yagunzos finalmente son derrotados y la cabeza del consjero, muerto antes a causa de sus ayunos extremos y modo de vida, es cortada y echada al mar, en un intento por borrar de la memoria la lucha entre el bien, representado por el consejero según la creencia popular, y el mal, represantado por el gobierno republicano. Una novela basada en una historia real, interesante de principio a fin.