La historia comienza en la casa de Alexander Cold un muchacho de quince años que vive con sus dos hermanas, su padre y su
madre la cual estaba padeciendo un terrible cáncer; razón por la cual él debe viajar a Nueva York a vivir un tiempo con su abuela paterna Kate Cold, una mujer de sesenta y tantos años de edad, cuyo oficio era de reportera del National Geographic.
Cuando por fin llega a que su abuela, luego de superar ciertas
dificultades las cuales no le
interesaron en lo mas mínimo, ella le notifica que muy pronto tendrán que emprender un viaje por el Amazonas ya que tiene que escribir un reportaje sobre una serie de sucesos misteriosos sobre una temible Bestia. En menos de lo que él se esperaba partieron a Manaos, situado en el lado Atlántico de America del Sur.
Establecidos ya en Manaos Kate y Alex conocen al resto del grupo que los acompañaran en el largo viaje, quienes son: el guía Cesar Santos y su hija Nadia, el capitán Arioso, la doctora Omayra Torres cuyo objetivo era vacunar a los indios, el antropólogo Tony Leblanc, un indio llamado Karakawe, los fotógrafos Joel González y Thimothi Bruce, dos soldados y un mono amigo de Nadia llamado Boroboá.
Antes de adentrarse a lo profundo de la amazona Mauro Carías, el hombre que financiara la expedición los invita a todos a visitar su lujosa casa en Santa María de la Lluvia, lugar en donde tenía encerrado un precioso jaguar que cuando Alex lo mira se queda perplejo y descubre que su animal totémico era ese.
Luego de eso emprenden el viaje al Amazonas, donde comienza la verdadera aventura. Durante el viaje son atacados por unos indios y muere un soldado. Al llegar a tierra firme el fotógrafo Joel es atacado por una anaconda y tiene que volver a Santa María de la Lluvia, y esa misma noche muere el otro soldado en manos de la Bestia, cuyo animal ellos andaban buscando.
Días después Alex y Nadia son secuestrados por los indios de la Neblina, sin embargo ellos pasan a ser amigos, ya que Nadia conocía a el Chaman de la tribu Walimay, quien días más tarde emprende con ellos un viaje hacia El Dorado, hogar de las bestias considerados semidioses para los indios.
Al llegar al Valle y acercarse a El Dorado comprendieron que no era una ciudad y tampoco era de oro, se trataba de una serie de formaciones geométricas naturales y el color que poseía era de Mica un mineral sin valor y Pirita un mineral llamado oro de tontos. Minutos después Nadia y Alex vieron a la bestia que parecía un gigantesco hombre mono de más de 3 metros de altura, erguido sobre dos patas con poderosos brazos que colgaban hasta el suelo con una cabeza demasiada chica para el porte del cuerpo. Estaba cubierto de pelo como alambre y tenía 3 largas garras afiladas, como cuchillos curvos en cada mano y Alex pensó que poseía una glándula como los zorrillos que expele el olor a voluntad para defenderse e inmovilizar a su presa. Por otra parte con ese suceso Nadia termino de entender que su animal totémico era el águila. Luego Walimay, los chicos y las bestias tuvieron un consejo para ver porque estaban ahí y que era lo que quería. Después Walimay prepara un brebaje que tuvo la virtud de conducirlos al reino de los mitos y de sueño colectivo donde dioses y humanos podían compartir las mismas visiones y así se ahorrarían muchas palabras y explicaciones.
Soñaron que Rahakanariwa (un pájaro caníbal) esta preso en una caja de madera sellada tratando de liberarse con su formidable pico y sus terribles garras mientras dioses y humanos atados a los árboles aguardaban su suerte. Vieron al pájaro caníbal destrozar la caja y salir dispuesto a devorar todo a su paso, pero entonces un águila blanca y un jaguar negro salieron al paso desafiándolo a un lecho mortal. Al despertar todos conocieron lo que pasó por que estaban en el mismo sueño. Posteriormente cuando se reúne otra vez el consejo de los dioses para continuar con sus deliberaciones Jaguar y Águila combatirán con el Rahakanariwa y si vencen cual será su recompensa pregunto una bestia y Nadia dijo: Los Tres Huevos del Nido y el agua de la juventud para mi madre dijo Alex. Seguidamente Walimay y los chicos están de vuelta a casa de los indios cuando descubren que Kate y los demás han llagado al Ojo del Mundo y por fin se reencuentran. Después Nadia convence a los indios que necesitan tomar las vacunas que la doctora Torres tiene para poder sobrevivir a las epidemias y cuando por fin los indios deciden vacunarse, Alex y Nadia comprenden que Mauro y la doctora están confabulados para eliminar a los indios mediante las vacunas que en realidad contenían una dosis mortal de sarampión y así apoderarse de sus tierras, es entonces cuando Karakawe que era un espía del gobierno muestra su verdadero rostro y es asesinado por el capitán Arioso y a su vez a este por una bestia. Al día siguiente los expedicionarios vuelven a Santa María de la Lluvia y cada uno vuelve a su casa, donde tanto como Kate y Tony estarán dispuestos a hacer lo que sea para que se declare la región de Los Indios de la Neblina como patrimonio natural