En la mañana del sábado 13 de octubre, el capitán Dreyfus recibió un extraño citatorio. El lunes en la mañana debía
presentarse ante el comandante en jefe, con ropa civil. Al hacerlo, se vio frente a dos oficiales y dos policías; no supo que el
mayor Henry estaba oculto tras unas cortinas. Se pidió al perplejo capitán que escribiera una solicitud de devolución de "documentos que envié a ustedes antes de salir a maniobras". Comenzó a escribir y luego se detuvo, al darse cuenta de la intriga, temblando. ¿Qué significaba esto? La charada terminó. Uno de los oficiales rugió: "!Dreyfus! !En nombre de la ley queda arrestado! Se le acusa del delito de alta traición." Dreyfus exigió saber cuál era la
evidencia. Se le dijo que la evidencia "era abrumadora". Protestando, afirmando que era inocente y que era víctima de "un asombroso plan" urdido en contra suya; Dreyfus fue llevado a prisión. No fue sino hasta el 10 de noviembre que el arresto fue confirmado por la prensa de París. "Alta traición. Arresto del oficial judío Alfred Dreyfus", vociferó un tabloide antisemita. Otro diario pidió un juicio público, pues hacerlo en privado sólo "prolongaría el escándalo". Mas cuando Dreyfus compareció ante los siete jueces de una corte marcial iniciada el 19 de diciembre, se ocultó al público la primera mención de la defensa sobre la que era en realidad "la única evidencia", el bordereau. De los cinco expertos a quienes se pidió examinar el documento, dos dijeron que Dreyfus no pudo haberlo escrito. Tres dijeron que sí, uno de los cuales, Alphonse Bertillon, refutó su propio testimonio de que lo escrito por Dreyfus el 15 de octubre en la oficina del comandante en jefe difería del bordereau. Bertillon propuso, grandilocuente, que Dreyfus alteró su letra en esa ocasión: !Las frases escritas ante cuatro testigos eran falsificaciones! El mayor Henry atestiguó que desde algún tiempo sabía de un espía alemán en el Estado Mayor. "!Y el traidor está aquí!", dijo, señalando hacia el sitio en el cual se encontraba, lleno de impotencia, Dreyfus. Cuando se le pidió demostrar su acusación, Henry respondió, gélido: "Hay secretos que un oficial no comparte ni con su sombrero." Los jueces se impresionaron. Tras cuatro días de testimonios vagos de los testigos del fiscal y una aparición sin convicción del defensor, los jueces deliberaron. Entonces llegó un mensajero del Ministerio de Guerra. Esperando recibir nueva evidencia, los jueces leyeron en lugar de esto una virtual orden del ministro, de inculpar a Dreyfus. Por la tarde, los oficiales votaron unánimamente a favor de hallar culpable al acusado y sentenciarlo con toda frialdad por alta traición. En el verano de 1895, varios meses después de que Dreyfus fue enviado a la Isla del Diablo, el teniente coronel Marie-Georges Picquart sucedió a Sandherr como jefe de contrainteligencia. Como los militares notaron lo insustancial del caso contra Dreyfus, se ordenó a Picquart interceptar la correspondencia del preso y, además, seguir vigilando la basura que seguía sacando la empleada de la embajada alemana. En marzo de 1896 recibió de ella trozos de petit blue, una carta especial, de fino papel azul, que se utilizaba para el correo local parisino. La carta, al parecer rota y tirada al cesto de basura sin haber sido enviada, estaba dirigida al mayor Marie-Charles-Ferdinand Walsin-Esterhazy, a quien se pedía "una explicación más detallada de la que me dio el otro día acerca de la cuestión en suspenso" Esterhazy era el hijo de un general francés, de una rama ilegítima de los inmensamente ricos Esterhazy de Hungría. Aunque estaba casado con una mujer pudiente, parecía que Esterhazy nunca tenía suficiente dinero para mantener su libertinaje en París. Intuyendo que estaba sobre la pista de otro espía, Picquart hizo vigilar a Esterhazy; en dos ocasiones se le vio visitando la embajada alemana. En agosto, el jefe de contrainteligencia obtuvo dos de las cartas de Esterhazy. La caligrafía era idéntica a la del bordereau era la única evidencia que había sido injustamente utilizada para acusar al capitán Dreyfus. Cuando Picquart quiso probar que el traidor era Esterhazy, y no Dreyfus, uno de sus superiores le aconsejó no reabrir el caso. "¿Cuál es para ti la diferencia si ese judío se queda en la Isla del Diablo?", se le preguntó. "No me llevaré ese secreto a la tumba", replicó Picquart. Sabiendo que su jefe podía demostrar la inocencia de Dreyfus, el mayor Henry falsificó nuevas evidencias para incriminar al preso. Inevitablemente, se filtró a la prensa lo relacionado con las nuevas evidencias del caso Dreyfus.