En la posada de los padres del mozuelo Jim Hawkins aparece un misterioso marino, con trazas de pirata, que da una propina
al muchacho a cambio de que le avise si aparece por el lugar un hombre de una sola pierna. El marino recibe visitas de hombres de tan mala catadura como él, una de las cuales contiene una amenaza de muerte que le provoca un ataque mortal. Jim y su madre registran las pertenencias del pirata, para cobrarse lo que les adeuda, y encuentran lo que resultará ser el mapa de la isla en que dejó oculto su
tesoro el terrorífico y ya fallecido capitán Flint, a cuya tripulación pertenecía el marino. Madre y muchacho huyen de la posada poco antes de que los
piratas que rondaban al que acaba de morir registren de arriba abajo el lugar y marchen enfurecidos por no haber hallado el mapa.
Livesey, el juez-médico de la localidad, y el caballero Trelawney estudian el mapa que les lleva Jim y deciden fletar un barco para hacerse con el tesoro. Durante la travesía, escondido por casualidad en un barril de manzanas, Jim descubre lo que ya sus protectores estaban empezando a sospechar: que los piratas que perseguían el mapa han conseguido infiltrarse como tripulantes, incluyendo el de una sola pierna, llamado John Silver, que ejerce de líder desde su cargo de cocinero de abordo, y que planean amotinarse y asesinarlos a todos. Al llegar a la isla y gracias a una estratagema, el capitán, el juez y el caballero, consiguen burlar la amenaza y se refugian, junto con unos cuantos hombres fieles, en un fortín protegido por una empalizada, desde donde rechazan a tiros a los piratas.
En una escapada, el intrépido Jim encuentra a Ben Gunn, un enloquecido ex tripulante de Flint, que lleva varios años solo en la isla. En otra, el muchacho consigue cortar la amarra del navío y encallarlo en un lugar fuera del alcance de los piratas, tras encarnizada pelea con uno de ellos, al que bate de un tiro a costa de quedar levemente herido, ensartado en el mástil por el cuchillo de su enemigo. Cuando regresa a la empalizada, encuentra que está tomada por los seis piratas que sobreviven, que han dejado escapar al capitán y a los pocos supervivientes de la tripulación fiel a cambio del mapa del tesoro. Orgulloso y sin temor, pese a estar en sus manos, Jim se burla de ellos y proclama que él es el culpable de que el barco haya desaparecido y que sólo él sabe dónde se encuentra. Los piratas se aprestan a torturarle para que confiese, pero Silver, admirado de su valor, se pone de su parte y lo evita.
Cuando llegan al emplazamiento del tesoro, encuentran que hace tiempo que ha sido excavado y que no quedan más que unas monedas. Enfurecidos, los piratas se aprestan a matar a Jim y a Silver, pero caen abatidos por repentinos disparos que resultan venir de las armas del juez, el caballero y el náufrago Ben Gunn, que fue el que durante su larga estancia en la isla descubrió el emplazamiento del tesoro y lo desenterró y lo trasladó a una cueva. Victoriosos, Jim y sus protectores cargan en el barco el tesoro, compuesto por monedas de infinidad de países (aunque deciden dejar los lingotes de plata y otros objetos para otra ocasión) y regresan a Inglaterra para disfrutar de su riqueza. Han prometido perdonar a Silver por haber salvado a Jim de morir a manos de sus compañeros, pero el pirata desaparece una noche con una pequeña parte del tesoro y no se vuelve a saber nada de él.