Mientras en los siglos VI y V a.C. los pensadores jónicos elaboraban una teoría atomista de la composición de la materia
y una teoría naturalista de la evolución biológica, en los siglos V y VI d.C. los teóricos
cristianos buscaban el
conocimiento del mundo en la Biblia y enseñaban, por ejemplo, que el universo estaba hecho a imitación del arca de Moisés. El historiador irlandés B. Farrington dedica este libro a analizar las razones de la desaparición del pensamiento científico en aquellos tiempos.
Su conclusión principal es que el cristianismo no es el responsable de esta situación: "La aceptación crítica de la Biblia como oráculo no fue la causa, fue solamente un síntoma de la decadencia de la ciencia".
Según Farrington, "los cristianos no fueron más supersticiosos que sus contemporáneos; y, además, fueron mucho más sensibles (...) Los escritores (cristianos) de los siglos II, III y IV son sin duda superiores a sus contemporáneos paganos en humanidad, vitalidad y sensibilidad. Cuando el emperador Juliano reinstauró por breve tiempo el paganismo, restauró un conjunto de supersticiones que, si hubieran tenido éxito, habrían hecho la Edad Media más oscura aún de lo que fue".
Farrington afirma que en Atenas la mentira había alcanzado la justificación filosófica más elaborada y hasta el cristiano Agustín de Hippona, teórico de la obediencia y el sometimiento al poder, critica en
La ciudad de Dios cómo los filósofos griegos persuadieron al pueblo para que aceptara como verdad lo que ellos sabían que era mentira.
En los primeros siglos de esplendor griego, la ciencia jónica fue una explosión de conocimiento científico: Los atomistas concibieron, por primera vez en la historia, la imagen de un hombre que actúa de forma perfectamente racional frente a la naturaleza, confiando en que las leyes de la naturaleza no son superiores a las posibilidades del conocimiento humano, maravillado por el descubrimiento de las leyes de la naturaleza, libre de las supersticiones del animismo, sereno en su voluntaria subordinación a las leyes".
Sin embargo, la separación de esa ciencia de la práctica, que impuso la división del trabajo en la sociedad esclavista, y los esfuerzos de la clase dominante por extender la ignorancia y la superstición frenaron ese impulso. Uno de estos filósofos, Anaxágoras, fue juzgado y expulsado de Atenas por enseñar públicamente teorías que convertían al dios Helios en una bola de fuego inanimada.
En su lugar, Platón, además de rechazar todo conocimiento que no fuera apriorístico, defendió en sus obras la necesidad por cuestión de estado de los dioses antropomórficos populares, en tanto que elaboraba un complejo sistema de nuevas divinidades para uso de los miembros de la clase dominante. Igualmente, Aristóteles establecía en su
Metafísica que los dioses tradicionales "son mitos escogidos para persuadir a la multitud, por su utilidad para la vida social y para el bien común". Los romanos también siguieron esta actitud, y el historiador Polibio escribía: "Si fuese posible fundar un estado en que todos los ciudadanos fuesen filósofos, podríamos dejar de hacer ese tipo de cosas; pero en todo estado las masas son inestables, llenas de deseos ilícitos, de violentas pasiones".
El cinismo y el estoicismo no se opusieron a la habitual práctica de fomentar la superstición. Sólo Epicuro, que creía en los dioses pero no en la religión popular del estado, luchó por la instrucción pública y por basar la filosofía en la naturaleza. Su seguidor romano, Tito Lucrecio, intentó hacer lo mismo siglos después.